dsh-bio-gem

从细菌全基因组到可用的基因组尺度代谢模型（GEM），往往要经历注释、重建、校验、补洞和文档化等多道工序，工具链分散、标准不统一，很难在一条可复现的流水线里走完。dsh-bio-gem 面向 dsh 工作流，把「构建 → 验证 → 补洞 → 出报告」串成一体：支持多染色体与多质粒输入，产出经多关卡检验的标准 SBML 与模型卡，并与预测账本等机制对齐，让每一步都有可审计的边界与方法声明。

插件提供约 24 个 gem_* 工具，覆盖从 CarveMe（及可选 gapseq）端到端建模，到六道验证关卡、缺口分级诊断与规则化补洞、biomass 精修与表型回填、必需性与双敲分析、通量扫描与质量报告等。介质可跨引擎解析，权威参考模型可安装校验；与 dsh-bio-genie 分工明确——本插件负责「造模型」，genie 负责 FBA、基因必需性、生产包络线与模型管理面板等「用模型」，装好 genie 后相关建模需求还可由 agent 自动路由到 gem 工具。

适合在 dsh 里做代谢工程、菌株设计或教学演示的研究者与开发者：已有 cobra 分析环境（或已装 genie 可复用其 Python），需要把基因组快速落成可验证、可补洞、可对接下游仿真的 SBML，而不想手工拼凑 CarveMe 与各类后处理脚本。构建侧若走 CarveMe 需自备独立环境；gapseq 为可选实验能力，不影响其余分析与校验工具。