dsh-bio-human-microbiome-function-mining

在人体相关微生物里寻找可能编码目标酶活性的蛋白，往往要同时处理基因组与蛋白组、序列比对、结构证据、EC 与已有注释，还要把结果排成可交付的候选表并衔接实验思路。零散脚本难以复现，也容易在证据层级和结论上不一致。

本插件将目标酶序列、EC 号或底物-产物反应标准化为 Target Function Card，并串联 CD-HIT 去冗余、DIAMOND 序列筛选、注释匹配快速路径、US-align 结构证据、在需要时的 DEER 与 FedKEA 验证、文献证据审计，以及实验假设与实验设计。默认以 TM-score 为主的确定性排序，并保留 priority 溯源列；不托管服务、不打包外部生信工具，仅在路径可达且用户允许时由 Agent 本地执行，否则输出确切命令并消费用户返回的结果。

适合在 DeepSeek Harness 或兼容 Agent 工作流中使用的人体微生物组功能挖掘场景：已有或准备候选蛋白组/基因组数据，能配置 DIAMOND、CD-HIT、US-align 等工具路径，需要带 provenance 的证据表、最终排序表与实验设计，且要求不编造工具输出与文献引用。