dsh-biomni
在终端中运行以下命令:
dsh plugin install ZhuYanTech/dsh-biomni
将以下提示词粘贴到 DeepSeek Harness 对话框中:
在终端执行 dsh plugin install ZhuYanTech/dsh-biomni 即可安装,完整源码见 https://github.com/ZhuYanTech/dsh-biomni
插件介绍
把生物医学工具库交给一个 agent,最阴险的失败不是报错,而是静默绕过:依赖没装就自己写一个 PubMed 客户端,数据目录不存在就编一个路径,然后把结果交给你,语气笃定得像真的。dsh-biomni 只守一条规则——从不向 agent 广播本机无法交付的东西。218 个函数、76 个数据集、113 个生物信息学 CLI 工具,每一项都先经过环境探测才会出现在技能目录里;缺什么就大声说缺什么,附带修复所需的包名与体积代价。
核心体验围绕一个持久 Python 解释器展开:同一会话内 imports、数据帧、拟合模型跨调用存活,agent 可以小步推进而不必每次重发整段脚本;闲置半小时自动回收,并通知 agent 命名空间已清空,而非让它下次调用时撞上 NameError。21 个模块技能按需加载,把 218 个函数的上下文成本从约 26k 压到约 1.6k token;Settings 面板给出诚实的可用率报告,把 494 MB 只为解锁 7 个函数的可选依赖标上价格,不伪装成免费赠送。
如果你是生物医学、药学或计算生物学方向的研究者,习惯用 DeepSeek Harness 驱动分析流水线,希望 agent 真正调用 samtools、query_pubmed 或分子对接函数而不是重新发明轮子,dsh-biomni 就是那层把 Biomni 接到 agent 上的桥——不 fork、不 patch,装完即用。
使用场景
- 让 agent 通过持久解释器多步调用 Biomni 的 218 个研究函数完成完整分析
- 在已下载的 76 个数据集中直接运行生物信息学流水线,避免重复网络往返
- 获取一份诚实的环境报告,精确知道哪些函数可用、哪些缺失、修复代价多大
适合人员
- 用 DeepSeek Harness 做生物医学或计算生物学分析的研究者
- 希望 agent 调用验证过的真实工具而非静默绕过缺失依赖的开发者
- 需要可审计、可复现的生物信息学自动化管线的科研团队