dsh-molecule-viewer
在终端中运行以下命令:
dsh plugin install PandaAIDD/dsh-molecule-viewer
将以下提示词粘贴到 DeepSeek Harness 对话框中:
在终端执行 dsh plugin install PandaAIDD/dsh-molecule-viewer 即可安装该插件,安装完成后重启 DSH 会话,view_molecule 工具自动可用,源代码仓库为 https://github.com/PandaAIDD/dsh-molecule-viewer 。
插件介绍
在深度对话中反复打开外部软件查看一个 PDB 文件,既打断思路又浪费上下文。dsh-molecule-viewer 把这件事直接做进了 DSH 会话内:把分子文件路径或结构数据交给模型,界面随即渲染出交互式 3D 查看器,旋转、缩放、切换 cartoon / stick / line / sphere 样式、调整着色,全部在浏览器内完成,无需离开对话窗口。
插件覆盖 PDB、SDF、MOL2、MOL 四种含 3D 坐标的常见格式。路径优先的设计天然适配混合开发环境:Windows 盘符、WSL 挂载路径、家目录简写均可自动识别与互转,服务端直接读取文件,响应迅速。3Dmol.js 在构建阶段打包进客户端 bundle,运行时不产生任何 CDN 请求,离线、内网以及浏览器严格隐私策略下同样流畅。查看器载荷随会话事件持久化,重启后加载历史照常渲染,不会丢失上下文。
适合计算化学、药物发现、结构生物学等需要频繁在对话中检视分子三维结构的场景。无论是让模型生成对接结果后立刻预览配体构象,还是随手粘贴一段 SDF 数据观察取代基空间取向,一句自然语言即可完成,省去在多个工具间来回切换的摩擦。
截图预览
使用场景
- 对话中直接查看 PDB、SDF、MOL2、MOL 分子三维结构
- 快速预览对接或生成结果中配体的空间构象
- 离线或内网环境下渲染分子结构,无需外部 CDN
适合人员
- 计算化学与药物发现研究人员
- 结构生物学与生物信息学从业者
- 日常需要在对话中可视化分子三维结构的化学与信息学用户