dsh-bio-galatea
在终端中运行以下命令:
dsh plugin install moonbowterfly/dsh-bio-galatea
将以下提示词粘贴到 DeepSeek Harness 对话框中:
在 DeepSeek Harness 中执行 dsh plugin install moonbowterfly/dsh-bio-galatea,或从插件源 https://github.com/moonbowterfly/dsh-bio-galatea 安装以启用蛋白设计工具箱。
插件介绍
蛋白质设计(binder、酶、纳米抗体)往往要在一长串工具之间来回切换:用 ProteinMPNN 出序列、用 ESMFold 验折叠、再做界面分析与候选聚类。dsh-bio-galatea 把这些环节收拢为 19 个语义化工具,让 dsh 里的 agent(以及与 dsh-bio-genie 共存的宿主)可以直接调用,并在本机完成大部分日常步骤。
核心能力覆盖从序列到筛选的完整链路:序列设计(ProteinMPNN / SolubleMPNN / LigandMPNN)、单链结构预测与复折叠验证(ESMFold)、复合物界面分析、理化打分与结构 QC、聚类与排序,以及区域约束重设计、候选摄入、组合选择与多轮战役记账等进阶能力。插件通过私有 venv 一键自举,CPU 或小显存 GPU 即可运行;对复合物 co-folding 等重算力环节则明确指向外部服务,不夸大本机能力。
适合在桌面端或 CLI 里做蛋白设计迭代的研究者、计算生物与药物发现团队,以及希望把「设计—验证—筛选—战役管理」交给 agent 编排、又需要可审计、确定性工作流的用户。若你已在用 dsh-bio-genie,Galatea 可作为其蛋白设计工具箱,与本机 bio 工具互补而非替代。
使用场景
- 为 binder 或纳米抗体批量生成序列并用 ESMFold 在本机验证折叠
- 对复合物做界面接触与理化打分,再聚类选出多样性代表候选
- 在多靶战役里用排序、组合选择与覆盖审计推进多轮设计迭代
适合人员
- 在 dsh 中用 agent 编排蛋白设计流程的计算生物研究者
- 需要本机 MPNN 与 ESMFold 又不想手工配环境的团队
- 已与 dsh-bio-genie 协作、需补强设计与筛选工具的药物发现从业者