dsh-bulk-scrna-concordance

模型推理更新于 2026.10.18

在终端中运行以下命令：

dsh plugin install Wanner122333/dsh-bulk-scrna-concordance

将以下提示词粘贴到 DeepSeek Harness 对话框中：

在 DeepSeek Harness 中执行 dsh plugin install Wanner122333/dsh-bulk-scrna-concordance，即可从 https://github.com/Wanner122333/dsh-bulk-scrna-concordance 安装该 bulk–scRNA 一致性对照插件。

插件介绍

在 bulk RNA-seq 与单细胞 RNA-seq 并存的研究里，你往往需要判断两套测量是否在基因表达层面「对得上」。把单细胞按分组聚合成伪 bulk，再与真实 bulk 样本做可比的对照，是常见思路，但归一化、分组对齐和统计呈现若各自手写，既费时又难复现。

dsh-bulk-scrna-concordance 面向这一描述性对照任务：按细胞分组求和得到伪 bulk，组内 bulk 样本取平均，默认经 CPM 与 log2(x+1) 变换后，在同一套基因上计算 Pearson 与 Spearman 相关、线性回归，并可输出分组匹配诊断与散点图等结果。每次运行会记录参数、输入输出哈希与依赖版本，便于审计与复现。

输入支持 .h5ad 或「基因×细胞」计数矩阵加元数据，bulk 为「基因×样本」表；bulk 样本名需能解析出与单细胞一致的分组标签。工具强调使用原始计数并做基本校验，同时明确说明：按组汇总不能替代生物学重复变异估计，相关与回归用于表达一致性描述，而非证明生物学等价。

适合需要快速做 bulk–scRNA 一致性检查的生信分析人员、实验室与流程搭建者；也可通过 DSH Host 插件、Python CLI 或 MCP 接入 Claude、ChatGPT 等客户端，在对话或自动化流程中完成同一套分析。